Klášter minoritů byl založen v polovině 14. století Rožmberky. Dvojí konvent bratří a sester řádu sv. Františka založila roku 1350 ovdovělá Kateřina z Rožmberka se svými čtyřmi syny Petrem, Joštem, Oldřichem a Janem. Rozhodnutí o založení o méně obvyklé monastické formy - podvojného kláštera - je obvykle vysvětlován snahou Rožmberků o přiblížení se pražskému vzoru a potřebě prestižní ženské monastické instituce.
První mniši přišli do kláštera v roce 1357 a o rok později byl klášter vysvěcen sarajevským biskupem Albertem. Klášterní kostel byl vysvěcen ke cti Božího těla a Panny Marie. V roce 1361 vstoupily do kláštery první řeholní sestry včele s abatyší Alžbětou z Opavy. K minoritům a klariskám přibyla v roce 1375 komunita zbožných laických sester - bekyní, které přebývaly v objektu sousedícím s konventem klarisek, což dalo základ vzniku unikátnímu souboru trojklášteří.
Rožmberkové kláštery štědře obdarovávali, kromě darů příslušely klášteru výnosy z řady vesnic a dvorů, což dokládá skutečnost, že krumlovské kláštery nepatřily v rámci řádu k těm ortodoxním, tedy, že bratři a sestry nebyli zavázáni absolutní chudobou.
Pastorační péče minoritských klášterů se tradičně obracela k širokému spektru městského obyvatelstva a svým působením významně ovlivňovala socializaci pozdně středověkého urbánního veřejného prostoru. Specifikum krumlovských minoritů spočívalo ve skutečnosti, že pastoraci vykonávali jak pro krumlovské měšťany, tak v sousedních ženských zbožných komunitách (klarisky, bekyně). Každoročně, v den svátku Božího těla, byly v Krumlově ukazovány svaté ostatky, jež byly nošeny v procesí od klášterního kostela minoritů k farnímu kostelu sv. Víta a zpět.
Rozsáhlý soubor budov klášterního komplexu minoritů a klarisek vznikl v průběhu několika významných stavebních etap, zahrnujících založení kláštera v polovině 14. století, jeho pozdně gotickou úpravu v období mezi lety 1490 a 1500 a barokní přestavbu probíhající v průběhu 17. a 18. století, která dala komplexu jeho stávající podobu.
Klášter klarisek byl zrušen v roce 1782. Ironií osudu bylo zrušení kláštera minoritů v roce 1950, přesně po 600 letech od jeho založení. V pohnuté novodobé historii byl rozlehlý klášterní areál využíván jako vojenské učiliště, sloužil k ubytování panských úředníků, později zde sídlily různé vzdělávací instituce a skladovaly se zde nejrůznější komodity, což se negativně podepsalo na stavu klášterních objektů. Část objektů byla ještě v 90. letech minulého století využívána k sociálnímu bydlení a před začátkem komplexní revitalizace v roce 2014 byly některé jeho interiéry i fasády v dezolátním stavu.
Klášterní areál prošel rozsáhlou revitalizací, v jejímž průběhu vzniklo v bývalých klášterních objektech moderní kulturně vzdělávací centrum. Českokrumlovské kláštery dnes přibližují široké veřejnosti, zvláště pak dětem, mládeži a rodinám s dětmi, život, kulturu, historii a umění daného období a vytváří zajímavý prostor pro poznání a zážitky.
Více informací o prohlídkových expozicích, službách, pronájmech prostor, návštěvní době, vstupném a kulturních akcích naleznete na oficiálních stránkách Klášterů Český Krumlov.