Hrad i jeho zakladatel, Vok I. z Rožmberka (+1262), jsou poprvé písemně uváděni v roce 1250. Až do roku 1302 byl hrad Rožmberk hlavním rezidenčním sídlem předního šlechtického rodu Rožmberků. I poté, co Rožmberkové přesídlili na nedaleký Český Krumlov, hrad stavebně rozvíjeli. V roce 1522 vyhořela část poddanského města a Horní hrad, z nějž se do dnešních dnů dochovala pouze věž Jakobínka. V letech 1597 - 1598 postoupil poslední Rožmberk Petr Vok hrad svému synovci Janu Zrinskému ze Serynu. Po jeho smrti v roce 1612 získali hrad a panství, podle rožmbersko-švamberské dohody z roku 1484, Švamberkové. Petr ze Švamberka se stal v roce 1618 jedním ze třiceti členů stavovského direktoria, v důsledku čehož byl veškerý jeho majetek zkonfiskován. Už v roce 1619 byl hrad obléhán a dobyt císařským generálem Karlem Bonaventurou Buquoyem, kterému císař Ferdinand II. hrad a panství daroval jako náhradu za financování císařského vojska, a kterého proslavila bitva na Bílé hoře. Přípisem z února 1620 mu připadlo také panství novohradské a libějovické a dále Žumberk a Cuknštejn. K dalším zásadním stavebním úpravám došlo na hradě až za vlády Jiřího Jana Buquoye, který nechal hrad opravit a novogoticky přestavět na rodové muzeum v letech 1851 - 1857. Hrad zůstal v buquoyských rukou až do roku 1945, kdy byl na základě Benešových dekretů znárodněn. V současné době je ve vlastnictví státu a je spravován Národním památkovým ústavem, Územní památkovou správou v Českých Budějovicích a je zpřístupněn veřejnosti.