Klášter Zlatá Koruna (původně Svatá trnová koruna - latinsky Sancta Spinea Corona) byl založen roku 1263 českým králem Přemyslem Otakarem II. Zlatá koruna byla druhou zeměpanskou fundací cisterciáckého kláštera v Království českém (první fundací byly Plasy založené roku 1144). Důvodem k založení kláštera, tím zřejmě nejdůležitějším, bylo posílení královského vlivu v jižních Čechách, omezení rozpínavosti rodu Vítkovců, který vlastnil nedaleký Český Krumlov, a utužení vazeb v rámci česko-rakouské unie. Sám zakladatel věnoval klášteru rozsáhlé pozemky (Boleticko, část Netolicka, dvě vinice v Rakousku), dům v Praze, rájovskou rychtu a rovněž právo osvobození od cel a mýt na Dunaji i suchozemských stezkách. Po roce 1276 byl klášterní areál zničen Vítkovci a k jeho následné obnově dochází až za vlády krále Václava II (1291), kdy do Zlaté Koruny přicházejí mniši z Plas. Obnovený konvent následně získal darem statky od pánů z Bavorova a z Michalovic. Později začal klášter rozvíjet rozsáhlou kolonizační aktivitu (např. založení 50 nových vsí na Boleticku), která nemá v českém cisterciáckém prostředí obdoby. Hospodářský rozkvět kláštera pohasl v období husitských bouří. Roku 1420 byl klášter dvakrát přepaden a vypálen husitskými vojsky (jednou pod vedením samotného Jana Žižky). Mniši proto klášter na 17 let opustili. Klášterní zboží v té době uchvátil Oldřich II. z Rožmberka sídlící na Českém Krumlově. Klášterní statky již nikdy nebyly navráceny původnímu majiteli, který tak neměl prostředky na obnovu kláštera. Z tohoto důvodu nemohli mniši až do 17. století užívat pobořený klášterní kostel a velký konvent. Po třicetileté válce, v jejímž průběhu klášter utrpěl pobyty vojsk a rabováním, se však Zlatá Koruna vzchopila a ve 2. polovině 17. století se dokonce počítala mezi vzorové kláštery českomoravské cisterciácké provincie. V té době byl klášter nákladně opravován. Další dobou rozkvětu  byla 2. polovina 18. století za posledního opata Bohumíra Bylanského, který se pečlivě staral o duchovní i hmotnou stránku klášterního života. Slibný rozvoj kláštera byl nečekaně ukončen zrušovacím dekretem císaře Josefa II. roku 1785 a od té doby zde řeholní život definitivně ustal. Budovy kláštera poté odkoupili Schwarzenbergové (roku 1787), kteří je pronajímali pro nevhodné průmyslové provozy. Zejména slévárna a strojírna, umístěné ve 2. polovině 19. století v křížové chodbě, značně poškozovaly klášterní architekturu. Roku 1909 byly tyto továrny zastaveny a započalo se s rekonstrukcemi klášterních budov, které probíhaly od roku 1938, i v průběhu II. světové války, pod vedením architekta Fidry. V průběhu II. světové války byl klášter Schwarzenbergům zkonfiskován protektorátními úřady a roce 1948 přešel do vlastnictví československého státu. V letech 1979 až 2000 byl klášter pod správou Státní vědecké knihovny v Českých Budějovicích a nyní jej spravuje Národní památkový ústav, územní památková správa v Českých Budějovicích. V roce 1995 byl zlatokorunský klášter prohlášen národní kulturní památkou.